組織圖最上層為董事會、顧問團榮譽校長與榮譽董事會。

第二層為校長曾瀚霖、國際事務部經理、專業培育訓練總監。

第三層為秘書長。

第四層分為「專業訓練處」、「教育推廣處」、「犬隻管理處」、「醫療培育處」、「行政管理處」、「南部辦公室」

專業訓練處之下分別為專業訓練組、視障服務組、人才培訓組

教育推廣處之下分別為教育推廣組、無障礙推廣組、資源發展組。

犬隻管理處之下分別為寄養家庭組、寄宿家庭組、收養家庭組。

醫療培育處之下分別為幼犬培育組、醫療照護組、犬舍管理組、

行政管理處之下分別為總務組、財務組、人資組。